Dominikańska bazylika św. Mikołaja pozostaje jedną z najstarszych świątyń Gdańska. Jej historia rozpoczęła się w XII w. Wzniesiono ją na skrzyżowaniu dwóch ważnych szlaków handlowych: starożytnej drogi kupców (via mercatorum) i traktu wiodącego z gdańskiego zamku do książęcych posiadłości na Pomorzu.

Od początku służyła zarówno ludności miejscowej, jak i przybywającym tu licznie ze wszystkich stron świata kupcom i żeglarzom, których patronem był właśnie św. Mikołaj. Ten kościół 22 stycznia 1227 r. książę pomorski Świętopełk Gryfita przekazał św. Jackowi i jego przybyłym z Krakowa braciom zakonnym, dominikanom, którzy natychmiast rozpoczęli intensywną działalność duszpasterską zarówno w Gdańsku, jak i w pobliskich Prusach.

U progu XIV w., w związku z intensywnie rozwijającym się coraz bogatszym miastem, dominikanie zbudowali nowy, zachowany do dziś kościół. Najbardziej dramatycznym okresem w historii świątyni był XVI w. i reformacja. Świątynia była kilkakrotnie niszczona i plądrowana podczas tumultów. Wówczas zakonników wypędzono z Gdańska, a kilku nawet zabito. W 1578 r. czarni bracia, jak lokalnie nazywano dominikanów, powrócili i objęli opieką pastoralną katolicką ludność coraz bardziej protestantyzującego się Gdańska. Od tego momentu ponownie rozpoczął się okres świetności kościoła św. Mikołaja. W murach klasztoru mieszkało coraz więcej zakonników, kwitło życie intelektualne i kaznodziejstwo, kościół otrzymał nowe, wspaniałe wyposażenie (główny ołtarz, stalle, ambonę, organy...). Potwierdzeniem znaczenia świątyni były regularne wizyty kolejnych królów Polski przy okazji ich pobytu w Gdańsku.

Kres świetności klasztoru przyniosły rozbiory Polski, a następnie wojny napoleońskie. W 1813 r. wskutek rosyjskiego ostrzału miasta klasztor całkowicie spłonął. Dwadzieścia lat później dominikanie zostali zmuszeni do opuszczenia miasta, a zrujnowane zabudowania klasztorne ostatecznie wyburzono. Przy kościele powstała wówczas parafia katolicka – jedna z czterech w ówczesnym Gdańsku. Niemal do samego wybuchu II wojny światowej były w kościele odprawiane obok niemieckich także polskie nabożeństwa. Rok 1945 okazał się katastrofalnym dla Gdańska: wojska rosyjskie z zajadłością zamieniły miasto w gruzy. Zniszczeniu uległy wszystkie kościoły Śródmieścia z wyjątkiem jednego – św. Mikołaja. Jedna z opowieści głosi, iż został on oszczędzony przez palących Gdańsk radzieckich żołnierzy ze względu na postać św. Mikołaja, otaczanego przez prawosławnych Rosjan szczególną czcią.

W kwietniu 1945 r., po 112 latach przerwy, w Gdańsku pojawili się znowu dominikanie. Przywieźli z sobą ze Lwowa średniowieczną ikonę Matki Bożej Zwycięskiej. Według tradycji została ona namalowana przez św. Łukasza Ewangelistę. W średniowieczu znalazła się w posiadaniu książąt kijowskich, którzy otaczali ją szczególnym kultem. Mieli oni w zwyczaju zabierać cudowny wizerunek na wojny z niewiernymi, i dzięki wstawiennictwu Maryi zawsze wracali z nich jako zwycięzcy. Książę halicki Lew na prośbę swej żony bł. Konstancji Arpadówny, siostry św. Kingi, podarował obraz dominikanom wraz z lwowskim zamkiem.

Obecny obraz (najstarszy w Polsce wizerunek maryjny pochodzenia bizantyjskiego) powstał pod koniec XIV w. Jego autorem jest anonimowy ikonopista przynależący do tradycji malarstwa serbsko-macedońskiego. Od początku wizerunek był otaczany czcią. Dlatego król August III wystąpił do papieża Benedykta XIV z prośbą o dokonanie koronacji obrazu. Odbyła się ona 1 lipca 1751 r.

Obecnie przy kościele św. Mikołaja żyje w klasztorze dziesięciu dominikanów prowadzących: Duszpasterstwo Akademickie „Górka”, Duszpasterstwo Akademickie „Katamaran”, Dominikański Ośrodek Informacji o Nowych Ruchach Religijnych i Sektach, a także Dominikańską Szkołę Wiary oraz Dominikańskie Centrum św. Jacka. Ludzie ubodzy posilają się w Kuchni św. Mikołaja.

Dominikański kościół św. Mikołaja w Gdańsku to miejsce niezwykłe. Jest to najstarsza świątynia w mieście i najbardziej wiarygodny świadek jego tysiącletniej skomplikowanej historii.