W środkowej apsydzie nawy południowej świątyni znajduje się ołtarz dedykowany Królowej Anielskiej. Swą budową nawiązuje on do wykształconego w okresie baroku typu przyściennego i składa się z dwóch zasadniczych części: z mensy i nastawy. Nastawa obejmuje grupę ośmiu aniołów, którzy w postawach rozmodlenia i adoracji otaczają Maryję, ukazaną w królewskim majestacie. Jej postać stanowi centrum kompozycji ołtarzowej.

Nastawa tego ołtarza, podobnie jak w przypadku pozostałych ołtarzy bocznych, jest dziełem Karola Hukana. Przypomina ona, jeśli chodzi o układ kompozycyjny, ołtarz św. Józefa z Dzieciątkiem Jezus, znajdujący się dokładnie naprzeciw w północnej nawie bazyliki. Biały gipsowo-alabastrowy ołtarz doskonale kontrastuje ze stiukowymi ścianami koloru sieny. Stiukowe ściany świątyni są projektu architekta Franciszka Mączyńskiego. Również secesyjna polichromia roślinna sklepienia apsydy ze stylizowanym motywem krzyża, zaprojektowana przez Jana Bukowskiego w 1914 roku, a wykonana przez Karola Orleckiego, tworzy ciekawą kompozycję w zestawieniu z bielą ołtarza. Pastelowe kolory dwóch witraży według projektu Jerzego Skąpskiego z 1978 roku, znajdujące się obok ołtarza, wprowadzają ciekawy kontrast z barwami użytymi w dekoracji apsydy.

Prace nad ołtarzem trwały od 22 XII 1918 r., gdy rzeźbiarz otrzymał zaliczkę na wykonanie tego dzieła, aż do roku 1921, kiedy ołtarz został ukończony w swej zasadniczej konstrukcji (w sam raz na konsekrację kościoła). Jednak ostatecznie dzieło wykończone zostało dopiero w listopadzie 1921 roku. W pracy nad ołtarzem oprócz Hukana brali udział sztukatorzy: Michał Rychlewicz, Jan Okład i Grzegorz Pawłowski. Ołtarz został nieco zmieniony w 1931 roku - w stosunku do pierwotnej wersji - bowiem na żądanie konsultorów (doradcza rada zakonna) Karol Hukan wykonał z pomocą sztukatora Jana Okłada nową figurę Maryi z koroną na głowie i berłem w ręku - tak jak widzimy to obecnie w ołtarzu. W poprzedniej wersji jeden z klęczących aniołów podawał Maryi koronę.

Ołtarz zachwyca ciekawym układem kompozycyjnym niezwykle dynamicznych anielskich postaci, a przy tym doskonale harmonizuje z pozostałymi dziełami wspomnianego artysty, jakie wykonał dla tej świątyni.

Centrum ołtarza stanowi stojąca na odwróconym do góry rogami księżycu Madonna, ubrana w długą, lekko pofałdowaną suknię, przepasaną paskiem powyżej bioder. Maryja ma narzucony na ramiona płaszcz. Jej twarz jest niezwykle piękna, skupiona, o pogodnym matczynym spojrzeniu. To twarz młodej dziewczyny. Maryja ma piękne, długie włosy opadające na ramiona, a oczy Jej spoglądają w dół, jakby uważnie przyglądały się ziemskim stworzeniom. Głowę Maryi zdobi otwarta królewska korona. Królowa Aniołów odbiera hołd anielskiego orszaku. Niebieskie duchy zostały ukazane w postaci młodych dziewcząt. Aniołowie otaczają Królowę, wielbiąc i jakby przedstawiając Ją światu. Wizja niebiańskiej chwały Maryi została ciekawie potraktowana w rzeźbiarskim pomyśle artysty. Wyraża się to poprzez kompozycję, na którą składają się niskie pokłony, adoracyjna postawa niebieskich duchów, ich pełne zachwytu zapatrzenie się, ciekawe gesty oraz jakby prezentacja stworzeniom Tej, która odbiera nieustanne modły swego ludu. Zachwyca dynamiczny splot postaci anielskich, układ rozpostartych skrzydeł, ciekawie komponujących linię ołtarza, a nawet finezyjne uczesanie anielskich włosów. Podobno takie fryzury nosiły kobiety w latach dwudziestych minionego stulecia. Patrząc na ołtarz, widzimy, jak Maryja jest adorowana w chwale nieba, co wyraża tytuł Królowa Aniołów, pod którym jest wzywana w Litanii Loretańskiej. W ten sposób została artystycznie wyrażona prawda wiary o królewskiej godności Maryi.

Artystyczna wizja Królowej Anielskiej ukazana w ołtarzu jest dobrym sposobem, aby obudzić wśród wiernych kult Tej, której hołd oddają aniołowie w niebie. Ołtarz z Jej figurą stanowi punkt skupiający uwagę modlących się. Dwaj klęczący aniołowie, zamykający pierwszy plan ołtarza, wydają się mówić: Podejdźcie i zobaczcie. Dwaj pozostali, klęczący przed Maryją, wyrażają postawy adoracji i modlitwy. Czterej aniołowie na drugim planie są pełni zachwytu i uwielbienia, a jeden z nich, z twarzą zwróconą wprost do widza, jakby przemawiał: To Ta, której należy się nasza modlitwa i cześć, i uwielbienie. Cała przestrzeń dworu niebieskiego została zapełniona aniołami klęczącymi lub stojącymi po obu stronach Maryi. Również przestrzeń nad głowami aniołów i Królowej Nieba została ciekawie zaprojektowana. Widzimy otwarte skrzydła anielskie unoszące się w górę. Twarze aniołów są widoczne przede wszystkim z profilu i tylko jeden z nich patrzy wprost na oglądającego. Zachwycają i dodają uroku piękne, otwarte skrzydła, a zwiewne powłóczyste szaty anielskie tworzą niezwykle dynamiczny splot. W kompozycji odczuwamy jakby powiew silnego wiatru opływający ich ciała i rozwiewający szaty. Maryja przedstawiona została frontalnie z prawą ręką na sercu, jakby chciała wyznać: Oto ja służebnica Pańska.

Na antependium ołtarza znajduje się złocona i patynowana płaskorzeźba przedstawiająca Pokłon pasterzy, wykonana w gipsie również przez Karola Hukana. W latach 60. XX wieku nad mensą umieszczono tabernakulum przeniesione z głównego ołtarza. Drzwiczki tabernakulum są miedziane, posrebrzane, a zostały wykonane przez Stockiego i Sosnkowskiego z firmy Kopaczyńskiego z Krakowa w 1921 roku.

Kompozycja ołtarza Królowej Anielskiej zawiera czytelne przesłanie dla wiernych, aby zawsze czcili Maryję tak gorąco, jak czynią to niebieskie duchy w Królestwie Jej Syna.

Tytuł Matka Boska Anielska przypomina, że Maryja jako Matka Boga jest Królową również aniołów, a zatem istot pośród stworzeń najwyższych. Ewangelie wydają się wskazywać na rolę służebną aniołów wobec Maryi. Widać to zarówno w scenie zwiastowania, jak też przy ukazaniu się aniołów pasterzom w Betlejem; oraz wtedy, gdy anioł informuje Józefa, że ma uciekać z Dzieciątkiem do Egiptu.

Najbardziej znany, a zarazem pierwszy kościół Matki Boskiej Anielskiej leży w dolinie nieopodal Asyżu. Kiedyś rósł tam wokół las, a właścicielami niewielkiej kapliczki byli benedyktyni. Według podania kapliczkę ufundowali pielgrzymi wracający z Ziemi Świętej w VI wieku. Mieli oni przywieźć grudkę ziemi z grobu Matki Bożej, który sytuowano w Dolinie Jozafata w Jerozolimie. Dlatego pierwotnie kapliczka nosiła tytuł Najświętszej Maryi Panny z Doliny Jozafata. Kapliczka z czasem popadła w ruinę, a odbudował ją św. Franciszek w zimie 1207/1208 roku i w jej pobliżu zamieszkał. Od czasów św. Franciszka jest ona zwana kapliczką Matki Boskiej Anielskiej (nie jest wykluczone, że ten święty nadał jej tę nazwę). Legenda głosi, że słyszano często nad kapliczką głosy anielskie i stąd taki tytuł. Tu również w roku 1208 lub 1209, w uroczystość św. Macieja Apostoła (24 lutego), wysłuchał Franciszek Mszy świętej i usłyszał słowa Ewangelii: Idźcie i głoście: Bliskie już jest królestwo niebieskie. (...) Darmo otrzymaliście, darmo dawajcie. Nie zdobywajcie złota ani srebra, ani miedzi do swych trzosów. Nie bierzcie na drogę torby ani dwóch sukien, ani sandałów, ani laski (Mt 10,6-10). Franciszek wziął te słowa do siebie jako nakaz Chrystusa. Dlatego zdjął swoje odzienie, nałożył na siebie habit, przepasał się sznurem i udał się do kościoła parafialnego św. Jerzego w Asyżu.

Kapliczka zwana jest również Porcjunkulą. Nazwę tę zawdzięcza prawdopodobnie św. Franciszkowi. Etymologicznie to włoskie słowo oznacza tyle co kawałeczek, drobna część. Może to odnosić się do samej kapliczki, która była bardzo mała, ale również do posesji przy niej leżącej, także niewielkiej. W XVI i XVII wieku w tym miejscu został zbudowany wielki klasztor, a wokół kapliczki nowy, okazały kościół. W jego środku znajduje się obecnie zachowana pierwotna kapliczka. Świątynia posiada okazałą fasadę z figurą Matki Bożej na szczycie, wykonaną z pozłacanego brązu, liczącą 7 m wysokości. Święto Matki Boskiej Anielskiej jest obchodzone uroczyście 2 sierpnia jako święto patronalne jedynie w kościołach i w klasztorach franciszkańskich. Ta franciszkańska tradycja oddawania czci Królowej Anielskiej wpisała się na stałe do ludowego kultu maryjnego. Wiele jest polskich pieśni, które czczą Matkę Boską Anielską. Z tej pobożności wyłonił się i został zrealizowany projekt uczczenia Maryi w jezuickiej bazylice pod takim właśnie tytułem.