We wrześniu 1939 r. wkroczeniu do Polski wojsk niemieckich towarzyszyły aresztowania, egzekucje, stopniowe przesiedlenia ludności cywilnej do dzielnic o niskim standardzie, prześladowania inteligencji... Od początku grudnia na części ziem okupowanych systematycznie zamykano polskie szkoły na wszystkich poziomach edukacji.

Tysiące dzieci i młodzieży pozbawiono prawa do nauki, Polacy mieli być tylko siłą roboczą. Według propozycji Heinricha Himmlera z maja 1940 r., w ramach 4-klasowych tzw. Szkół ludowych mieli się oni uczyć jedynie prostego liczenia, najwyżej do pięciuset, napisania własnego nazwiska oraz wiedzy, iż – jak powiedział – boskim przykazaniem jest być posłusznym Niemcom, uczciwym, pracowitym i rzetelnym. Umiejętności czytania nie uważał za konieczną.

Nauczyciele, przy wsparciu rodziców i zaangażowaniu uczniów, samorzutnie rozpoczęli pracę konspiracyjną, dla niepoznaki oficjalnie zatrudniając się w innych zawodach. Tam gdzie prześladowania dotknęły nauczycieli w sposób szczególny, w sukurs przychodzili im ludzie innych profesji: prawnicy, inżynierowie, duchowni, studenci, uczniowie starszych klas. Młode pokolenie podchodziło do nauki poważnie i traktowało ją jako patriotyczny obowiązek. Zasięg tajnego nauczania był fenomenem na skalę europejską.

Na terytorium Polski włączonym do Rzeszy Niemcy zlikwidowali wszystkie polskie szkoły, nawet powszechne. W związku ze szczególnie restrykcyjnymi działaniami administracji hitlerowskiej powstała specyficzna odmiana edukacji konspiracyjnej oparta na sieci jedno-, kilku- albo kilkunastoosobowych „klas”. Lekcje odbywały się przeważnie dwa – trzy razy w tygodniu w mieszkaniach uczniów bądź nauczycieli. W przypadku dekonspiracji groziły im wywózki na przymusowe roboty, do obozów koncentracyjnych, a nawet egzekucje. Dość powszechną formą było też nauczanie domowe prowadzone przez starszych członków rodziny. W celach germanizacyjnych pod koniec okupacji niektóre polskie dzieci chodziły do nielicznych, przeznaczonych dla nich szkół niemieckich.

Nieco lepiej przedstawiała się sytuacja w Generalnej Guberni, gdzie okupant pozostawił szkoły powszechne i zawodowe z okrojonym programem edukacji i zakazem uczenia polskiej literatury, historii i geografii, likwidując jednocześnie szkoły średnie i wyższe. Na tym terenie, w Warszawie, w październiku 1939 r. z inicjatywy działającego w podziemiu Zarządu Głównego Związku Nauczycielstwa Polskiego powołana została Tajna Organizacja Nauczycielska (TON). Jej założycielami byli: Czesław Wycech, Zygmunt Nowicki, Kazimierz Maj, Wacław Tułodziecki i Teofil Wojeński. Współpracowała ona z powstałym w 1940 r. Departamentem Oświaty i Kultury Delegatury Rządu RP na Kraj – korzystając z subwencji Rządu Londyńskiego – i ze Związkiem Walki Zbrojnej, a następnie z Komendą Główną Armii Krajowej. Głównym zadaniem TON była koordynacja nauczania w warunkach konspiracyjnych, a także opieka nad nauczycielami przesiedlonymi z terenów polskich włączonych do Rzeszy i nad rodzinami nauczycieli poległych i zaginionych podczas kampanii wrześniowej 1939 r., zamordowanych i aresztowanych przez Niemców w okresie późniejszym bądź walczących w Polskich Siłach Zbrojnych na Zachodzie. TON starała się również o zapewnienie bezpieczeństwa nauczycielom poszukiwanym przez władze okupacyjne.

Początkowo organizacja objęła swą pieczą szkolnictwo powszechne i gimnazjalne, by następnie rozpocząć nauczanie na poziomie szkoły średniej, a w takich ośrodkach jak Warszawa czy Krąków, po 1941 r. także Lwow i Wilno, profesorowie wyższych uczelni – korzystając z powstawania nowych wyspecjalizowanych szkół zawodowych otwieranych za zgodą niemieckich władz szkolnych z uwagi na rosnące zapotrzebowanie na lepiej wykwalifikowaną siłę roboczą – organizowali tajne nauczanie na poziomie uniwersyteckim. Mogło się ono odbywać w lokalach tych szkół i z wykorzystywaniem znajdujących się w nich pomocy naukowych (np. w szkołach mechanicznych kształcono uczniów w zakresie pierwszych lat studiów politechnicznych, w szkołach kształcących niższy personel medyczny – w zakresie medycyny).

Działalność TON w pewnym zakresie promieniowała także na tereny włączone do Rzeszy, jednak tajne nauczanie na ziemiach okupowanych miało przede wszystkim charakter spontanicznego współdziałania nauczycieli, rodziców i uczniów.

Liczba uczestników jednego „kompletu” zazwyczaj wynosiła 5-6 osób (choć bywały większe grupy), ilość godzin nauki danego przedmiotu została zredukowana do połowy czasu obowiązującego przed wojną, a lekcje były dwugodzinne, w miarę możliwości prowadzone według programu przedwojennego. Ze względu na brak podręczników i podstawowych pomocy dydaktycznych zasadniczą metodą pracy był wykład nauczyciela i notatki robione przez uczniów. W jednym mieszkaniu nauka mogła odbywać się dwa – trzy razy w tygodniu. „Komplet” w danym dniu nie powinien przemieszczać się pomiędzy mieszkaniami, w zamian za to nauczyciel przechodził z jednego lokum do innego. Nauczyciele ówcześni wspominają wyjątkową pilność młodzieży pomimo jej niedożywienia oraz zmęczenia tych, którzy pracowali, aby uchronić się przed wysyłką do Niemiec.

Mimo grożących kar za nielegalne nauczanie wielu nauczycieli nie porzuciło swego powołania i przez cały okres wojny służyło młodzieży; była to jedna z form walki z okupantem. W latach 1939-1945 ok. 9 tys. nauczycieli i ok. 640 profesorów, docentów i asystentów poległo, straciło życie w obozach koncentracyjnych, więzieniach gestapo i egzekucjach oraz zaginęło.

Szacuje się, iż tajnym nauczaniem na poziomie szkoły powszechnej objęto ogółem ok. 1-1,5 mln uczniów, na poziomie szkoły średniej ogólnokształcącej ok. 90 tys., dokształcaniem w szkolnictwie zawodowym ponad 10 tys., na poziomie wyższym studiowało ok. 7 tys. osób. Trudno określić dokładnie liczbę uzyskanych dyplomów; wiadomo o ok. 600 magisteriach, 39 doktoratach i 19 habilitacjach. W pracy konspiracyjnej uczestniczyło kilkanaście tysięcy nauczycieli i wykładowców. Tajne nauczanie w tak szerokim zakresie i o tak sprawnej organizacji nie rozwinęło się w żadnym z krajów okupowanej Europy.

W latach 1939-1941 na ziemiach pozostających pod okupacją sowiecką nadal funkcjonowało zarówno szkolnictwo powszechne, jak i średnie prowadzone w języku polskim. Było ono jednak całkowicie zlaicyzowane i w bardzo dużym stopniu poddane komunistycznej indoktrynacji. Ze szkół usunięto nauczycieli zaangażowanych patriotycznie oraz duchownych. Zmianie uległy programy nauczania, m.in. historii i geografii. Szkoły wyższe zostały poddane silnej rusyfikacji lub ukrainizacji. Usunięto z nich część kadry profesorskiej, wprowadzając na jej miejsce wykładowców sprowadzanych z całego Związku Sowieckiego. W 1941 r., po zajęciu tych terenów przez Niemców, likwidacji uległy także te formy polskiego szkolnictwa.

Bohaterom tajnego nauczania Związek Nauczycielstwa Polskiego ufundował w roku 2000, jako dowód wiecznej pamięci, pomnik znajdujący się w Parku Kazimierzowskim opodal warszawskiej siedziby ZNP.