Kościół Najświętszego Serca Pana Jezusa w Krakowie jest usytułowany równolegle do ulicy Kopernika. Został zaprojektowany przez Franciszka Mączyńskiego (1874-1947) i zbudowany w latach 1909-1912.

Konsekrował go w 1921 r. bp krakowski Anatol Nowak. Papież Jan XXIII w 1960 r. nadał mu tytuł bazyliki mniejszej. Jest to świątynia orientowana, z elementami zmodernizowanego historycyzmu (doskonały przykład modernizmu młodopolskiego z elementami neoromańskimi, neogotyckimi i barokowymi). Kościół jest trójnawowy, pięcioprzęsłowy, z dwuprzęsłowym prezbiterium zamkniętym półkoliście, z sześcioma absydami dodanymi do korpusu oraz asymetrycznie usytuowaną wieżą (68 m wysokości) i pięknym portalem ozdobionym rzeźbami Xsawerego Dunikowskiego z monumentalną figurą Jezusa. Nowe wejście do kościoła jest też od elewacji zachodniej. Dekoracje ścian są pokryte kolorowym stiukiem. Nawy mają sklepienia krzyżowe na gurtach, a prezbiterium jest zamknięte sklepieniem kolebkowym z lunetami. Kaplicę Ducha Świętego (przy zakrystii), zwaną także Kaplicą Matki Bożej Serca Jezusowego, wieńczy kopuła.

Prezbiterium jest oświetlone oknami rozmieszczonymi w dwóch rzędach: u góry wysokie otwory zamknięte półkoliście, poniżej rząd złożony z biforów. W nawie głównej i kaplicy Ducha Świętego są okna koliste (przy kopule), w bocznych nawach okna są prostokątne z półkolistymi nadprożami; we wszystkich oknach znajdują się witraże. Główny ołtarz kościoła jest projektu Mączyńskiego, 7 bocznych ołtarzy dłuta Karola Hukana. Kościół posiada bogaty program ikonograficzny: mozaiki projektu Piotra Stachiwicza i Leonarda Stroynowskiego ze wspaniałą polichromią sufitu Jana Bukowskiego i pracami rzeźbiarskimi. Duża zakrystia ma odnowioną polichromię (w latach 2023-2025) autorstwa Jana Bukowskiego. Bazylika jest centralnym ośrodkiem kultu Serca Jezusa w Polsce. W tę majestatyczną przestrzeń wpisały się doskonale witraże, te istniejące do 1945 r. oraz te powojenne.

W książce pt. Korpus witraży z lat 1800-1945 (tom 1, str. 246) czytamy: Już na pierwszym etapie budowy rozważano kwestię oszkleń okien prezbiterium. Obawiano się, że szkło bezbarwne, przepuszczające rażące światło, przeszkadzałoby we właściwym odbiorze prezbiterium. Pierwsza koncepcja witraży do tej części kościoła wyszła od Franciszka Mączyńskiego, który zaproponował „w dolnych polach aniołów a w górnych szyby ze szkła katedralnego”. Ostatecznie witraże do sześciu górnych okien prezbiterium i ośmiu biforów zaprojektował Jan Bukowski (1873-1943) już po pierwszej wojnie światowej.

W latach 1923-1924 według projektu Jana Bukowskiego Zakład Stanisława Gabriela Żeleńskiego wykonał 6 witraży do okien prezbiterium (chodzi o okna duże podłużne), na których przedstawiono wielokwaterowe kompozycje historii Jezusa, poczynając od Zwiastowania do Zesłana Ducha Świętego. W prezbiterium widzimy nowe witraże Jana Bukowskiego z przedstawieniami szereg scen z życia Chrystusowego, które sposobem Średniowiecza w małych rozmiarach zszeregowane nad sobą w kondygnacjach stwarzają pewną złudę dawnych dzieł, gdyby nie przeczyły temu opanowany rysunek, a z drugiej strony nadmierne użycie pędzla. Zbyt silne patynowanie nie pozwala szkliwu należycie rozegrać się światłem.

Cztery witraże zrealizowano w 1923 r. przez Żeleńskiego – firmę kierowaną przez wdowę po właścicielu Izę Żeleńską, a dwa pozostałe w 1924 r. Warto odnotować, że 25 marca 1924 r. konsulta jezuitów z Kolegium Krakowskiego zgodziła się na prośbę ks. Proboszcza Ratusznego z kościoła parafialnego w Tarnopolu, aby Firma Żeleńskiego mogła powtórzyć je we wspomnianym kościele w Tarnopolu. Wspomniany kościół był pod wezwaniem Matki Boskiej Nieustającej Pomocy. Został opuszczony po wojnie i wyburzony w 1954 r., więc kopie tych witraży, jeśli w nim były, nie zachowały się w nim. Jan Bukowski zaprojektował też witraże z motywem roślinnym do 8 okien empor w prezbiterium i te wykonał Zakład Żeleńskiego w 1924 r.

W fasadzie okno rozetowe nad chórem zdobił witraż Jana Wałacha (1884-1979) z 1916 roku. Przedstawiał objawienie się Serca Bożego bł. Małgorzacie Marii Alacoque. Witraż ten wykonany został również przez Krakowski Zakład Witrażów S. G. Żęleńskiego. Jego opis zamieszczono w „Posłańcu Serca Jezusowego” z 1916 r. (nr 6 s. 153): W nowym Kościele Najsłodszego Serca Jezusowego założono nad chórem wspaniały wielki witraż, pomysłu i pędzla artysty Jana Wałacha, wykonany przez firmę Żeleńskiego w Krakowie w sposób artystyczny. Witraż przedstawia objawienie się Serca Jezusowego błog. Małgorzacie Alacoque. P. Jezus zstępuje z ołtarza ku modlącej się w zachwycie Błogosławionej, i pokazuje jej na to Serce, które tak gorąco ukochało ludzi, a w zamian za miłość odbiera niewdzięczność i zobojętnienie. Zastęp aniołów, w górnej części witrażu uwidocznionych, wołają na nas, że Serce Jezusa godne jest nieustannej najwyższej czci i chwały. Witraż znakomicie harmonizuje z przecudną ornamentyką sufitu, która jest już ukończona i spotyka się z zupełnym uznaniem znawców sztuki.

Dnia 5 czerwca 1927 r. nastąpił wybuch w prochowni w Witkowicach (dzielnica Krakowa). Był tam arsenał, wielkie magazyny wojskowe, w których gromadzono amunicję saperską. Fala uderzeniowa i podmuch powietrza były tak silne, że zniszczenia odnotowano w promieniu wielu kilometrów. W Witkowicach zawaliło się ponad sto budynków. To wtedy uległy uszkodzeniu witraże w wielu kościołach krakowskich, w tym u jezuitów przy ul. Kopernika. Uszkodzone witraże naprawił Zakład Żeleńskiego.

Jan Bukowski zaprojektował także witraże z symbolami czterech Ewangelistów do Kaplicy pod wezwaniem Ducha Świętego w jezuickim kościele, wykonano je w 1925 r. w kolistych oknach.

Przyczyną zniszczenia witraży w kościele był kolejny wybuch (18 stycznia 1945 r.), tym razem pociągu z amunicją, stojącego na torach przy ul. Blich. Zniszczeniu uległ wiadukt kolejowy nad ul. Kopernika, a w kościele zniszczone zostały witraże Mączyńskiego i Bukowskiego oraz witraż Wałacha. Ocalał tylko jeden, z symbolem św. Marka uskrzydlony lew (jest lekko uszkodzony, w grzywie lwa brakuje kilku szkiełek). Podobne przedstawienie lwa znajduje się na witrażu Bukowskiego w kaplicy św. Antoniego w kościele św. Szczepana w Krakowie z lat 1938-1941. Ocalały jeszcze dwa witraże w oknach empor prezbiterium (za konchą ołtarzową. To na ich podstawie Pracownia „Ponad Niebem” ze Zbrosławic, Anny Gomuły odtworzyła pozostałe witraże.

Dwa młodopolskie witraże (projektu Jana Bukowskiego) różnią się kompozycyjnie, a jednocześnie oba tworzą parę lustrzanych odbić, przeznaczonych do umieszczenia w jednym oknie. Wykonano je tradycyjną techniką ołowianą, z zastosowaniem szkła pokrytego patyną z miejscowym podkreśleniem konturem. Pracownia odtworzyła witraże, opierając się wyłącznie na dwóch zachowanych wzorach, rozmieszczając je w układzie naprzemiennym. Co interesujące, podczas przygotowywania szablonów rekonstrukcyjnych pani Anna odkryła, że w każdym z tych dwóch witraży – mimo różnic – ukryty został subtelny wizerunek Matki Bożej. W odtwarzanych witrażach motyw ten został świadomie zaakcentowany, m.in. poprzez zastosowanie jasnej aureoli czy niebieskich szat. Może to stanowić swoistą zagadkę dla odbiorców, którzy nie przyglądają się detalom – czy dostrzegą ukryty wizerunek. Witraże zostały zamontowane w prezbiterium w 2025 r. Wykonane zostały tą samą klasyczną techniką: poszczególne barwne tafle szkła pokryto patyną, wypalono w temperaturze około 630°C i – tam, gdzie wymagał tego oryginalny projekt – uzupełniono konturem. Następnie całość połączono ołowiem i zlutowano cyną, zakitowano i osadzono ponownie w zachowanych drewnianych ramach. W podobny, pieczołowity sposób przeprowadzono renowację dwóch ocalałych witraży. Zostały one ostrożnie rozlutowane, oczyszczone i ponownie złożone według precyzyjnie odtworzonych szablonów. Pęknięte elementy sklejono specjalistycznym klejem epoksydowym. Projektant Jan Bukowski tworząc kompozycję w duchu Młodej Polski, zadbał o jej wyjątkowość – każde okno składa się z około stu drobnych elementów, a bogactwo detali świadczy o mistrzowskim opracowaniu wzoru.

Kolejnym zadaniem pracowni były witraże okienne, tzw. świetliki nad zakrystią. Wykonano je z jasnego, słomkowego szkła katedralnego oprawionego w ołów, bez dodatkowej patyny, nawiązując stylistycznie do istniejących witraży, aby nie wprowadzać obcych motywów. W podobnym stylu uzupełniono również witraże w drzwiach do zakrystii. W 2026 r. planowane są jeszcze prace witrażowe w okulusach (łac. oculus oko; takie okrągłe okna pełnią funkcję dekoracyjną i oświetlającą), które dopełnią całość założenia.

Po wojnie trwały kilka lat prace przy szkleniu okien w kościele (w nawach bocznych, wielkich absydach i zakrystii). W 1950 r. malarz z Istebnej Jan Wałach dostarczył karton z projektem – repliką witraża z okna fasady, Objawienie się Serca Jezusowego św. Małgorzacie Marii Alacoque jednak z powodu braku funduszy nie odtworzono go. Środki pozyskiwano m.in. ze sprzedaży kamyczków mozaikowych, które w latach trzydziestych XX w. sprowadzono z Murano (Wenecja). Z tych funduszy chciano wstawić nowy witraż nad chórem muzycznym, jednak z powodu braku odpowiedniej sumy pieniędzy w listopadzie 1950 r. zrezygnowano z tego pomysłu.  

W Kaplicy Adoracyjnej zaprojektowanej przez Lubosława Dormusa, Jerzego Świecimskiego i Wojciecha Pietraszewskiego i powstałej w 1960 r.  w dwa okna wstawiono witraże projektu Jerzego Świecimskiego. Przedstawiają symbole Eucharystii, a wykonane zostały tradycyjną metodą z przedłużonych pytek szklanych. Witraże są utrzymane w odcieniach brązu, żółci i bieli. W latach 1977-1988 nowe przeołowienia wykonała Pracownia Witraży Anny i Ireneusza Zarzyckich. Po latach zostały znów odnowione podczas przygotowania do gruntownego remontu kaplicy w 2024 r. Odnowione witraże zamontowano we wrześniu 2024 r. Renowacją zajęła się Pracownia Witraży - Odłamki Studio z Niedzicy w Pieninach. Wykonawcą był Bolesław Stopa i jego córka Karolina Jadach.

Na początku lat 70. XX w. księża jezuici zamówili u malarza Jerzego Skąpskiego nowe neosecesyjne witraże do świątyni. Ksiądz dr Jan Popiel SJ postawił warunek artyście, by były jasne, niefiguratywne i nie zaciemniały bogatego w rzeźby i mozaiki wnętrza kościoła. (Na bocznych mozaikach przestawiono aż 4 razy postać Jezusa i centralna mozaika także ją zawierała, bardzo dobrze wyeksponowaną). Projekt powstał w 1971 r., ale Pracownia Witraży Anny i Ireneusza Zarzyckich w Krakowie wykonała witraże dopiero w latach 1978-1988. W latach 1978-1979 wstawiono witraże w okna prezbiterium (podłużne), w 1980 r. - w okrągłym oknie fasady, a w 1982 r. - w oknach dwóch wielkich absyd mieszczących ołtarze Matki Boskiej Królowej Anielskiej i św. Józefa. W 1984 r. witraże znalazły się w kruchcie pod wieżą i 3 witraże w przedsionku pod chórem muzycznym. W 1984 r. zamontowano 4 witraże w nawach bocznych, a 1988 r. w okrągłych oknach w nawie głównej. W sumie 29 witraży. Projekt okrągłego witrażu z chóru muzycznego był pokazany na wystawie indywidualnej Jerzego Skąpskiego w Krakowie we wrześniu 1981 r. w pawilonie wystawowym BWA (Pl. Szczepański 3 A).

Witraże, mimo że niefiguratywne, zostały poświęcone wydarzeniom z życia Chrystusa. W fasadzie od strony zachodniej w okulusie jest witraż Boże Narodzenie. Cztery witraże w okulusach od północy poświęcone są działalności Jezusa Chrystusa przed Zmartwychwstaniem. W oknach absydy prezbiterium znajduje się witraż Najwyższa ofiara, nawiązujący do tytułu bazyliki. W czterech okulusach od południa - Zmartwychwstanie oraz Działalność Jezusa Chrystusa po Zmartwychwstaniu. Pozostałe witraże, umieszczone w dolnych oknach nawy oraz kruchtach, nie niosą symbolicznego przesłania.

Witraże Skąpskiego należą do najważniejszych dzieł artysty - pisze Grażyna Fijałkowska w książce Witraże w krakowskich obiektach sakralnych. Są one autorską refleksją nad monumentalnym wnętrzem świątyni, a miękko rysowane obrazy nawiązują do jego secesyjnej stylistyki wnętrza. Artysta posługuje się delikatnym konturem, który podporządkowany jest plamom barwnym dominującym w przeszkleniach. Dzięki ciepłej kolorystyce: złocistym żółciom, nasyconym czerwieniom, błękitem, subtelne światło dopełnia klimat świątynni, podporządkowując się jednak nadrzędnej idei skupienia i modlitwy. Dla Skąpskiego, który zaprojektował witraże do ponad 50 obiektów sakralnych, witraż stanowi połącznie teleologii i malarstwa: Projekt tylko wtedy jest dobry, gdy oba te elementy tworzą jedność. Przez witraż sączy się do kościoła światło w sensie metafizycznym – światłość świata. Witraż przez ładunek teologiczny, który niesie, ułatwia modlitwę.

Połączenie witraży z polichromiami i mozaikami sprawia, że wnętrze bazyliki Serca Pana Jezusa działa jako całość artystyczna - nie tylko jako pojedynczy element, ale harmonijna kompozycja. Witraże tej bazyliki nie są tak spektakularne jak niektóre witraże gotyckie, ale są bardzo ważne z punktu widzenia sztuki sakralnej okresu międzywojennego i powojennego. Zrealizowane projekty witraży autorstwa Skąpskiego pokazują kontynuację tradycji dekoracji sakralnej mimo zniszczeń wojennych.

Rola witraży w katedrach, kościołach i świątyniach jest zarówno artystyczna, symboliczna, jak i duchowa. Nie są one jedynie dekoracją – pełnią bowiem ważną funkcję w budowaniu doświadczenia sacrum, czyli poczucia obecności tego co święte. Witraże to w pewnym sensie „teologia światła”, a ono od zawsze było w chrześcijaństwie symbolem Boga, prawdy, czystości i obecności rzeczywistości nadprzyrodzonej. Witraż nie wpuszcza światła wprost jak zwykłe okno, lecz filtruje je, barwi, zmiękcza i dzięki temu światło we wnętrzu świątyni nie razi, a nabiera mistycznego, nierealistycznego charakteru. Wówczas wierny ma poczucie, że znalazł się w przestrzeni innej niż codzienna – oddzielonej od zwykłego świata.

Witraż działa jak granica między dwiema rzeczywistościami: światem zewnętrznym – hałaśliwym, pośpiesznym, zmiennym i wnętrzem świątyni – cichym, skupionym, uporządkowanym. Dzięki witrażom wierny nie widzi tego, co jest co na zewnątrz, i jego uwaga nie ucieka tam, ale zostaje skierowana do środka – zarówno przestrzeni, jak i własnego wnętrza, a to sprzyja skupieniu, wyciszeniu, modlitwie i kontemplacji. Witraże na pewno pomagają w przeżywaniu sacrum, ponieważ tworzą atmosferę tajemnicy. Kolorowe, zmieniające się wraz z porą dnia światło daje wrażenie, że rzeczywistość wewnątrz świątyni nie jest zwyczajna. One podkreślają obecność Boga jako światła, bowiem delikatne, barwne światło sugeruje, że to co Boskie nie przytłacza, lecz przenika spokojnie i łagodnie. One wpływają także na ludzką psychikę: kolory chłodne (błękity, fiolety) sprzyjają wyciszeniu, czerwienie i złota budują podniosłość. Wierny, który wchodzi do świątyni z witrażami, często obniża głos, instynktownie zachowuje się ciszej i z większym szacunkiem. To pokazuje, że witraże realnie kształtują klimat modlitwy. Wydaje się, że to wszystko udało się doskonale osiągnąć w jezuickiej bazylice Najświętszego Serca Jezusa w Krakowie. Większość tutejszych witraży została sygnowana nazwiskiem fundatora, a to jest świadectwem zaangażowania finansowego wiernych w powstanie tych dzieł.