Trwając w swym postanowieniu podążania drogą Pana Jezusa, postanowił Ignacy podjąć studia w Alkali, Salamance i Paryżu, aby lepiej przygotować się do ewangelizacji niewiernych w Ziemi Świętej.

Powróciwszy z Ziemi Świętej do Hiszpanii, Ignacy podjął naukę na uniwersytecie w Alkali. Był rok 1525. Jednocześnie zaczął udzielać trzydziestodniowych rekolekcji, wykorzystując swoją ciągle uzupełnianą i poprawianą książeczkę Ćwiczenia Duchowne. Wzbudzał jednak podejrzenia ze strony Inkwizycji, gdyż nie był kapłanem, a przecież uprawiał kierownictwo duchowe. Zachęcano go więc do odbycia studiów filozoficznych i teologicznych, by mógł otrzymać święcenia kapłańskie. To utwierdziło go w przekonaniu, że mimo swojego wieku – a miał wtedy ponad 30 lat – powinien zdobyć gruntowne wykształcenie. Już w Alkali próbował zgromadzić wokół siebie grupę studentów zainteresowanych takim sposobem życia, jakie on sam prowadził. Po jakimś czasie grupa jednak się rozsypała.

Potem udał się do Salamanki, by mieć więcej wolnego czasu na studiowanie. Ale i tu zainteresowała się nim Inkwizycja; dominikanie z klasztoru św. Szczepana przesłuchali go, po czym przez dwa tygodnie był uwięziony. Nie pozostawało mu nic innego jak udać się na studia do Paryża. Rok 1528 rozpoczął dla niego bardzo owocny 7-letni okres. Nie zważając na reakcję wielu starszych studentów, niegdyś dumny szlachcic zasiadł teraz w ławach Sorbony z dziećmi, by uczyć się łaciny, a potem studiować filozofię i teologię. Właśnie w tym czasie spotkał kolejnych przyjaciół w Panu, którzy stali się zaczątkiem zakonu jezuitów. Byli to: Piotr Faber, Franciszek Ksawery, Alfons Salmerón, Mikołaj Bobadilla i Szymon Rodriguez. Im wszystkim Ignacy udzielił w różnym czasie rekolekcji opartych na Ćwiczeniach Duchownych. Franciszka Ksawerego, późniejszego misjonarza w Indiach i w Japonii, zachęcał do ich odprawienia przez trzy lata. Ignacy udzielił takich rekolekcji także rektorowi Sorbony i dużej grupie profesorów.

Po ślubach czystości i ubóstwa złożonych na Montmartre 15 sierpnia 1534 r. przyjaciele rozeszli się do miejsc, z których pochodzili, by następnie podczas spotkania w Wenecji w czerwcu 1537 r. przyjąć święcenia kapłańskie. Także w ich sercach zrodziło się pragnienie, by ewangelizować niewiernych w Ziemi Świętej; jednak przez cały rok nie wyruszył statek w tym kierunku. Gdy upłynął ustalony termin, udali się do Rzymu, gdzie czekała na nich nowa misja. Papież Paweł III ucieszył się ich przybyciem i wysłał kilku z nich na Sobór Trydencki, gdzie wykazali się biegłą znajomością teologii. Pozostali z powodzeniem głosili kazania w miastach Italii, gromadząc za każdym razem tłumy słuchaczy. Także w tym okresie wielu spośród nich udzielało rekolekcji, korzystając z książeczki Ćwiczeń Duchownych. Po zatwierdzeniu Towarzystwa Jezusowego w 1540 r. przyszedł czas osiem lat później na uroczyste zatwierdzenie autorytetem Stolicy Świętej książeczki Ignacego. O strukturze i dynamice Ćwiczeń, które przynosiły i ciągle przynoszą tak wiele owoców duchowych w Kościele, napiszę w kolejnym miesiącu.