W małej apsydzie nawy południowej świątyni, w pobliżu transeptu, znajduje się ołtarz dedykowany św. Ignacemu z Loyoli (1491-1556), założycielowi zakonu jezuitów, romantycznemu i walecznemu baskijskiemu rycerzowi, pokutnikowi oraz autorowi cenionej ascetycznej książeczki pt. Ćwiczenia duchowne. On to swoim duchowym synom nakazał służyć jedynie dla Bożej chwały. Święty ten został beatyfikowany przez papieża Pawła V w 1609 r., kanonizował go papież Grzegorz XIV w 1622 r., zaś patronem rekolekcji ogłosił go papież Pius XI w 1922 roku.

Ołtarz swą budową nawiązuje do wykształconego w okresie barokowym typu przyściennego i składa się z dwóch zasadniczych części: mensy i nastawy. Nastawa ołtarza św. Ignacego obejmuje medalion oraz dynamiczną grupę anielską. Medalion, czyli owalny element dekoracyjny, umieszczany zwykle na fasadzie lub ścianie, w ołtarzu św. Ignacego stanowi centrum kompozycyjne. Swym kształtem nawiązuje on do kamei - kamienia szlachetnego lub półszlachetnego zdobnego wypukłym reliefem. Nastawa ołtarzowa, podobnie jak w przypadku pozostałych sześciu bocznych ołtarzy, jest dziełem znanego krakowskiego rzeźbiarza Karola Hukana. Przypomina ona również, jeśli chodzi o formę i układ kompozycyjny, ołtarz Alfonsa Rodrigueza, znajdujący się dokładnie naprzeciw, w północnej nawie tej bazyliki.

Prace nad ołtarzem trwały od 14 III 1923 r., kiedy to rzeźbiarz podpisał umowę na wykonanie go z rektorem kolegium ks. Brunonem Wolnikiem. Ołtarz Ignacego został ukończony w marcu 1926 roku. W cztery miesiące później, 31 lipca - w liturgiczną uroczystość zakonną św. Ignacego - został poświęcony. Zachwyca on ciekawym układem kompozycyjnym dynamicznych postaci oraz medalionu, a przy tym harmonizuje doskonale z pozostałymi dziełami wspomnianego artysty, jakie wykonał dla tej świątyni. Cała nastawa ołtarza jest wykonana w alabastrowym gipsie.

Centrum ołtarza stanowi wyróżniający się od reszty kompozycji medalion, przedstawiający św. Ignacego podczas mistycznej wizji. Jezuicki święty nie został ukazany w tym medalionie zgodnie z tradycyjną dla niego ikonografią. Zwykle bywa przedstawiany jako starszy, mocno łysiejący zakonnik o ostrych rysach twarzy, ubrany w barokowy ornat. Tymczasem tutaj artysta ukazał go w scenie wizji mistycznej jako młodego mężczyznę. Ignacy -ten święty mistyk i mąż czynu - w medalionie jest przedstawiony jako człowiek mający łagodne rysy twarzy, pogodne i spokojne oblicze. Za jego głową widnieje okrągła aureola, będąca oznaką świętości. Widzimy, jak Ignacemu objawia się Chrystus, dźwigający na swych ramionach krzyż. W ten sposób została skrótowo wyobrażona znana z życia Ignacego scena z połowy listopada 1537 r., tzw. wizja w La Storta. W tej małej miejscowości położonej przy via Cassia, przy drodze prowadzącej z Rzymu do Sieny, w odległości szesnastu i pół kilometra od Wiecznego Miasta, święty zdążający pieszo do Rzymu oglądał Zbawiciela. W płaskorzeźbie medalionu Chrystus Pan dźwigający krzyż unosi się na obłokach. Z zapisów autobiograficznych Świętego wiemy, że zdążając do Rzymu, Ignacy przeżył wzruszającą wizję. Chrystus przemówił do niego, wypowiadając słynne słowa: Ego vobis Romae propitius ero - w Rzymie będę wam łaskawy. W swej Autobiografii św. Ignacy napisał: Pewnego dnia, gdy był w pewnym kościele o kilka mil od Rzymu i modlił się, poczuł taką zmianę w duszy i ujrzał z tak wielką jasnością, że Bóg Ojciec przyłączył go do swego Syna Jezusa Chrystusa, iż nie odważyłby się nigdy wątpić o tym, że Bóg Ojciec przyłączył go do swego Syna (Autobiografia 96). O. Laynez w komentarzu do Autobiografii stwierdził: Właśnie w La Storta prośba ta została definitywnie i w sposób nie podlegający dla Ignacego żadnej wątpliwości wysłuchana. Ignacy przeżył tam wizję mistyczną dwóch Osób Boskich - Ojca i Syna obarczonego krzyżem i zrozumiał, że Ojciec przyłączył go na zawsze do swego Syna i pod sztandar Krzyża.

Ta wizja umocniła Ignacego w zamiarze założenia nowego zakonu. Miasto Rzym miało stać się dla niego miejscem duszpasterzowania, czynienia miłosierdzia i ośrodkiem kierowania dynamicznie rozwijającym się zakonem. Założyciel zakonu jezuitów w scenie na reliefie medalionu został ujęty z profilu jako młody, przystojny mężczyzna z krótką brodą i ładnie zaczesanymi włosami, ubrany w jezuicką sutannę z rozwianą, zarzuconą przez prawe ramię, peleryną profeską. Święty Ignacy spogląda w stronę Jezusa i modli się. Lewą rękę oparł o otwartą książkę. Może to być książeczka Ćwiczeń duchownych. Nie jest jednak wykluczone, że artysta miał również na uwadze książkę o życiu świętych Flos sanctorum Jakuba de Voragine, którą Ignacy czytał podczas rekonwalescencji na zamku w Loyoli. Ten święty mistyk hiszpański jest przykładem, jak lektura duchowa - książka potrafi “uwieść” i pociągnąć ku dobrym czynom. W gipsowym przedstawieniu Ignacy, ukazany z otwartą książką, jest bardzo wymowny w tym przekazie dla nas ludzi zagonionych, opanowanych przez gadulstwo, żyjących w hałaśliwej epoce. Ćwiczenia duchowne tego Świętego to najkrótszy podręcznik krzewienia pobożności.

Ołtarzowy medalion z popiersiem Świętego, który stanowi punkt skupiający uwagę modlących się tu osób, otacza dynamiczna grupa aniołów. Dwaj z nich, przedstawieni w pełnej postaci, stoją po obu stronach owalnego medalionu. Również przestrzeń nad medalionem została ciekawie zaprojektowana. Widzimy unoszące się w górze trzy małe anioły - putta spowite w zwiewne szarfy. Jeden z nich, znajdujący się na szczycie ołtarza, w wielkim zdumieniu podpiera ręką główkę. Inny nieco poniżej z rozpostartymi rączkami spogląda w dal, a trzeci aniołek sprawia wrażenie, jakby się już napatrzył mistycznej wizji i czym prędzej chciał przywołać inne, by nie przegapiły tego momentu i z główką zwróconą w stronę Świętego odfruwa. Dwaj wielcy aniołowie, stojący tuż przy medalionie, zostali przedstawieni w majestatycznych pozach. Anioł po prawej stronie widza ukazany został z profilu. Ma piękne otwarte skrzydła, zwiewne powłóczyste szaty przepasane wstęgą. Przybliża się do medalionu, idąc boso po obłokach. Lewa jego ręka sięga piór skrzydła, prawa zaś spoczywa na medalionie, jakby chroniąc go. Przepasany jest wąską wstążką i jakby unoszony wiatrem. Anioł po lewej stronie (widza) przedstawiony został frontalnie i stoi ukazany w geście zadziwienia. Prawą rękę położył na swojej głowie, a lewą trzyma na wysokości biodra. Na powłóczystą suknię ma zarzuconą długą pofałdowaną wstęgę, jakby szeroką szarfę. Również i on stoi boso na obłokach.

Na antependium (z łac. ante-pendere wisieć przed) ołtarza, wykonanym z kolorowego stiuku, widzimy godło zakonu jezuitów - monogram Chrystusa IHS umieszczony w otoczce promieni słonecznych, uzupełniony o krzyż i trzy gwoździe.

Św. Ignacy jest przede wszystkim znany jako założyciel Towarzystwa Jezusowego, jednego z najpotężniejszych zakonów w historii Kościoła. Jego obecność w bazylice jezuickiej jest oczywiście w pełni zrozumiała. Zapytać jednak należy, na jaki aspekt z życia i z duchowości świętego fundatora zwrócił uwagę artysta? Co chciał przedstawić w pięknym medalionie, przypominającym drogocenną kameę?

Kompozycja ołtarza św. Ignacego Loyoli zawiera przesłanie, że jest on również twórcą prawdziwej szkoły modlitwy. Jej dynamikę i metodę spisał na kartach Ćwiczeń duchownych. Z jednej strony książeczka ta jest owocem jego własnych doświadczeń mistycznych, z drugiej zaś świadectwem głębokiej znajomości różnych tradycji duchowości chrześcijańskiej. Ignacy genialnie wybrał z dotychczasowych form pobożności to co najlepsze i stworzył bogatą i spójną propozycję formacyjną, ogarniającą wszystkie etapy duchowego wzrastania. Ignacy uczył tych, którzy przyłączyli się do niego, jak przystosowywać treści Ćwiczeń do potrzeb każdego człowieka. W ten sposób stał się nie tylko nauczycielem modlitwy, ale także mistrzem nauczycieli modlitwy.

Kto przychodzi modlić się do bazyliki jezuickiej, kto pragnie przeżywać całą duszą liturgię Kościoła albo w ciszy samotnie adorować Zmartwychwstałego Pana, winien najpierw prosić św. Ignacego, aby wskazał mu drogę wiodącą ku modlitwie. Każdy z nas powinien zadać mu pytanie, jak wejść w ducha modlitwy, jak zatopić się w ciszę kontemplacji, jak praktycznie uwolnić się od hałasu codzienności i przybliżyć się ku tajemnicy Boga. Św. Ignacy jej doświadczał, a dla nas stał się orędownikiem, wzorem i mistrzem modlitwy.