Dnia 2 października 1912 roku na Madagaskarze, w miejscowości Marana zmarł ojciec Jan Beyzym SJ. Była środa, a na zegarze wybiła godzina 615; w liturgii obchodzono w tym dniu wspomnienie świętych Aniołów Stróżów. Gorliwy misjonarz oddał ducha w czasie, gdy zwykle odprawiał w kaplicy Mszę świętą dla swych podopiecznych w Maranie. Tego pamiętnego dnia w schronisku dla trędowatych sprawowano ją nieco później.

Właśnie rozpoczął się miesiąc różańcowy, a wierny czciciel Maryi - jak sam napisał w jednym ze swych listów - zrobił swoje i Tatar mógł odejść. Miał 62 lata; trzynaście z nich przepracował z trędowatymi na Czerwonej Wyspie. Żył w wielkim osamotnieniu, w trudnym klimacie; nie oszczędzał swych sił i pewnie dlatego tak szybko przestało bić jego kochające serce, wycieńczone żarliwą troską o misję i gorliwą posługą bliźnim.

Ciało ubrano w sutannę i w trumnie zaniesiono je do małego oratorium sióstr, znajdującego się obok chóru w kaplicy; tam zmarły pozostał cały dzień. W jego - już zastygłe - dobrotliwe ręce włożono krzyżyk z wizerunkiem Chrystusa Pana i opleciono je różańcem. Na szyję założono mu stułę. Za jego głową ustawiono krzyż i obraz Matki Bożej Częstochowskiej, który kupił w Krakowie tuż przed wyjazdem na misje. Obraz był oprawiony w ramy, które ojciec Beyzym sam wyrzeźbił z desek, jakie pozostały z opakowań po darach nadesłanych z Polski dla jego podopiecznych. Obraz Maryi przy zmarłym misjonarzu był wymownym symbolem jego życia, które upłynęło pod szczególną opieką Pani Jasnogórskiej. Obok jego trumny postawiono też białe lilie wyhodowane w ogródku, nad którym pieczę sprawowali trędowaci; nasiona kwiatów do tego ogródka ojciec Beyzym otrzymywał w listach z ojczystego kraju. Madonna Częstochowska, którą tak bardzo czcił, z pewnością wyszła mu na spotkanie, aby przywitać go w progach domu Ojca.

W tym dniu z kaplicy w Maranie rozchodził się głośny płacz trędowatych, a także szlochanie i żarliwa modlitwa wznoszona do Boga za duszę ich umiłowanego ojca. Składali oni niezdarnie swe opuchnięte ręce i głośno modlili się za zmarłego przed Najświętszym Sakramentem. Potem sami wykopali na miejscowym cmentarzu grób i złożyli w nim ciało misjonarza, aby ten, który kochał ich tak bezgranicznie, pozostał z nimi tam na zawsze.

Chociaż ukochany ojciec czarnych piskląt umarł, nastał dla nich lepszy czas: miały już gdzie mieszkać i co jeść. Od roku gotowy był nowoczesny szpital, który ojciec Beyzym wznosił dla nich przez osiem lat w wielkim trudzie, ciągle zabiegając o jałmużnę z biednej i podzielonej między zaborców Polski.

Bohaterskiego Apostoła odrzuconych pochowano w czerwonej i spalonej słońcem ziemi miejscowego cmentarza. Jego ciało miało tam spoczywać aż do zakończenia diecezjalnego procesu beatyfikacyjnego. Pod koniec XX wieku dokonano ekshumacji doczesnych szczątków ojca Beyzyma. Czas zrobił swoje; zachowały się jedynie większe kości.

Relikwię ojca Beyzyma (kości z prawej ręki - ręki, którą błogosławił i rozgrzeszał oraz opatrywał chorych) przywieziono do Polski 19 grudnia 1993 roku. 2 października 1994 roku umieszczono tę relikwię w Bazylice Serca Jezusowego w Krakowie przy ul. Kopernika 26. Znajduje się ona w mosiężnym zdobnym ołtarzu-sarkofagu z widniejącym popiersiem misjonarza i płaskorzeźbą ukazującą go wśród swych podopiecznych. Zawierająca relikwię palisandrowa trumienka (wyrzeźbiona przez utalentowanych Malgaszów) widoczna jest za szybą. Odtąd Jezuicka Bazylika jest szczególnym miejscem kultu o. Beyzyma. Tam właśnie wierni modlą się za jego wstawiennictwem do Boga, składają kwiaty, palą świece i doznają licznych łask.

Od beatyfikacji o. Beyzyma, dokonanej w roku 2002 na Błoniach Krakowskich przez papieża Jana Pawła II, ta znajdująca się w sercu królewskiego grodu świątynia nabrała szczególnego znaczenia. Ojca Beyzyma czczą nie tylko ludzie starsi; czczą go także gromadzący się przy duszpasterstwie jezuickim studenci, którzy obrali go sobie za patrona. Ten kochający najbiedniejszych i odważny w posłudze miłosierdzia Błogosławiony uczy nas wszystkich, jak mamy kochać bliźnich.

Msza święta o kanonizację bł. o. Beyzyma sprawowana jest w Bazylice drugiego dnia każdego miesiąca o godz. 1530. Prosimy Boga, abyśmy mogli wzywać go jako świętego w całym Kościele powszechnym.

Pamiątkę beatyfikacji o. Beyzyma, jak również 10. rocznicę sprowadzenia jego relikwii z dalekiego Madagaskaru do krakowskiej świątyni upamiętnia wybity w tym roku medal okolicznościowy oraz medalik. Awers medalu przedstawia Błogosławionego podczas samarytańskiej posługi trędowatym; wizerunek oddaje szlachetne rysy twarzy i niezłomność ducha tego jezuity. Rewersprzedstawia Chrystusa Pana na krzyżu i Maryję z Umiłowanym Uczniem. Motyw pochodzi z tęczy, oddzielającej prezbiterium od nawy głównej Bazyliki Serca Jezusowego w Krakowie (są to wspaniałe, trzymetrowe drewniane, polichromowane figury, wykonane w latach 1913-1917 przez Jana Raszkę).

Autorem medalu bł. Jana Beyzma jest pochodzący z Przemyśla profesor krakowskiej Akademii Sztuk Pięknych Jerzy Nowakowski. Medal ten został wytłoczony w brązie i poddany obróbce posrebrzania, patynowania i polerowania. Jego średnica wynosi 50 mm. Ma ręcznie robione etui, na którego powierzchni wytłoczono jezuicki monogram IHS.

Medalik jest srebrny. Na aversie powtarza się wizerunek Błogosławionego z medalu, zaś na rewersie widnieje twarz Chrystusa z kamiennej rzeźby znajdującej się na wieży Bazyliki Serca Jezusa w Krakowie (tę rzeźbę zaprojektował Ksawery Dunikowski, a wykonał ją Karol Hukan). Na medaliku wokół głowy Zbawiciela widnieje napis: Droga Prawda Życie.

Oby wielu ludzi modliło się za wstawiennictwem bł. ojca Jana Beyzyma i oby wielu nosiło jego medalik - aby wiele dusz zostało oczyszczonych z trądu grzechu. Jest jeszcze wiele do zrobienia w dziele ewangelizacji i pomocy ludziom odrzuconym. Nie myślmy tylko o sobie! Pomyślmy także o naszych bliźnich i starajmy się ich pokochać. Pomoże nam w tym Jezus, pomoże nam Maryja i z pewnością pomoże nam Apostoł odrzuconych - mąż żarliwej modlitwy, pragnący dobra ludzi, a przede wszystkim zbawienia ich dusz.