W środkowej, małej apsydzie nawy południowej świątyni znajduje się ołtarz dedykowany patronowi Polski i patronowi młodzieży - św. Stanisławowi Kostce. Przyścienny ołtarz składa się z dwóch części: z mensy i nastawy. Nastawa ołtarza obejmuje ośmiofiguralną grupę aniołów, którzy otaczają Świętego. Ten jezuicki nowicjusz został ukazany z profilu, w postawie klęczącej w chwili, gdy anioł podaje mu Komunię świętą. Jego postać znajduje się w centrum kompozycji.

Nastawa ołtarza, podobnie jak w przypadku pozostałych bocznych ołtarzy, jest dziełem Karola Hukana. Gipsowoalabastrowy biały ołtarz doskonale kontrastuje ze stiukowymi ścianami, wzorowanymi na włoskich dekoracjach okresu renesansu. Podobnie jak w pozostałych apsydach także i sklepienie tej zdobi secesyjna polichromia z motywami roślinnymi, zaprojektowana przez Jana Bukowskiego, a wykonana przez Karola Orleckiego.

Prace nad ołtarzem trwały od 1928 do 1930 roku. Było w tym okresie wiele przerw, oddalających szybkie ukończenie dzieła. Ówczesny kronikarz zakonny zanotował w Diariuszu jezuickiej wspólnoty: Pan Hukan się nie zjawia. Dopiero po usilnym naleganiu ze strony przełożonych zakonnych rzeźbiarz energiczne przystąpił do kontynuowania prac. Zajęło mu to cztery miesiące, od lipca do października 1930 roku, a pomagał mu sztukator Jan Okład.

Zastosowany układ kompozycyjny powtarza się we wszystkich bocznych ołtarzach. Także i tutaj występują dynamiczna grupa anielskich postaci z rozpostartymi skrzydłami oraz unoszące się na obłokach putta. Obserwować możemy rozwianie szat, charakterystyczne gesty aniołów oraz wyeksponowane w centrum tajemnicze wydarzenie z życia świętego jezuity. Wszystkie figury kompozycji, wykonane w białym alabastrowym gipsie, są starannie wyrzeźbione i dokładnie wypolerowane.

Św. Stanisław ubrany jest w jezuicką sutannę, przepasaną powyżej bioder szerokim pasem. U jego lewego boku widzimy zaczepiony o pas różaniec, zakończony medalikiem z symbolem zakonu. Długą pelerynę narzuconą na jego ramiona rozwiewa wiatr. Twarz Świętego wyraża modlitewne skupienie i odznacza się ona szlachetnym spojrzeniem. Jest to twarz przystojnego młodego mężczyzny, który nosi krótko ostrzyżone włosy. Łagodnym wzrokiem spogląda na podawaną mu Świętą Hostię. Cała jego postawa objawia wielkie pragnienie serca, aby jak najgodniej przyjąć Pana w Komunii świętej.

Wysłannicy nieba, anielskie duchy, towarzyszą tej scenie, otaczając zewsząd młodego jezuitę. Jeden z nich został specjalnie wyróżniony i spełnia misję szafarza sakramentu. W lewej ręce trzyma kielich, a prawą sięga po Hostię. Jego twarz jest skoncentrowana na świętej czynności, a piękne, szeroko rozwarte skrzydła, pokryte niemalże symetrycznie ułożonymi piórami, wydają się lśnić bielą. To właśnie strzeliste skrzydła oraz zwiewne szaty i pofałdowane wstęgi - niby szal - tworzą bogate tło kompozycyjne tej mistycznej scenerii. Zachwyt niebieskich duchów wobec misterium wiary został wyrażony w ich teatralnych gestach. Duży anioł unoszący się nad Stanisławem ma uniesioną wysoko prawą dłoń, w której trzyma krzyżyk, lewą zaś dotyka szaty, spod której wysuwa się główka aniołka podobnego do barokowego amorka. Widza zachwyca dynamiczny splot postaci anielskich, układ rozpostartych skrzydeł, dający w efekcie ciekawą dekorację ołtarza. Również i w tym przedstawieniu aniołów nie zabrakło finezyjnego uczesania ich fryzur.

Św. Stanisław z wielką wiarą i zarazem pokorą przyjmuje najdroższą mu Eucharystię. W tym ołtarzu w sposób artystyczny została zilustrowana prawda wiary głoszona przez Kościół katolicki o obecności Pana pośród swego ludu. Ukazana wizja nawiązuje do częstego przedstawienia ikonograficznego tego Świętego w sztuce sakralnej. W tym ołtarzu zostało ono pięknie przetworzone dzięki artystycznemu talentowi Hukana; łączy w sobie czytelne ukazanie największej tajemnicy naszej wiary z darem łaski ofiarowanym przez Boga człowiekowi, realizującemu swe powołanie do świętości na drodze życia zakonnego.

Ten święty młodzieniec jest przykładem umiłowania rzeczy niewidzialnych, górujących nad ziemskimi, i jest wzorem mistycznego zjednoczenia stworzenia ze Stwórcą w Komunii świętej. Człowiek klęczący na kolanach przed odrobiną Niebieskiego Pokarmu okazuje szacunek wobec misterium Najświętszej Eucharystii. Ołtarz św. Stanisława Kostki w jezuickiej bazylice stanowi jedno z ważnych miejsc skupiających uwagę modlących się tutaj osób. Dwaj unoszący się na obłokach mali aniołowie jakby zapraszają wszystkich modlących się przy tym ołtarzu, aby i oni, podobnie jak św. Stanisław, z wiarą dziecka Bożego przyjmowali ten Pokarm Niebieski. Aniołek po lewej stronie ma rozpostarte szeroko rączki i wydaje się, wołać: Przybliżcie się do stołu Eucharystii i skosztujcie, jak dobry jest Pan! Anioł podający Świętemu niewielką Hostię jest ukazany niezwykle subtelnie. Jego mistycyzm podkreślają delikatne długie dłonie, podobnie zresztą jak wyrażają go złożone w modlitewnym geście dłonie Stanisława. Równie subtelne twarze mają dwaj więksi aniołowie, widoczni z profilu, zaś główki małych aniołów nieustannie spoglądają na modlących się przy ołtarzu wiernych. Przy kontemplacji tego ołtarza odczuwa się jakby powiew łagodnego wiatru. Nim to poruszane są wszystkie szaty postaci i pióra anielskie.

Na antependium ołtarza widnieje stiukowy herb Kostków - Dąbrowa: na błękitnym polu, na barku srebrnej podkowy jest złoty kawalerski krzyż. Przy ocelach podkowy widoczne są zaćwieczone ukośnie takie same krzyże. Liczba krzyży - trzy - jest symbolem doskonałości i ma przypominać osobie używającej tego herbu o cnotach: wierze, nadziei i miłości.

Stanisław Kostka urodził się 455 lat temu i trafił na burzliwy czas w historii. Miał wyrazisty temperament, różnorakie zdolności i zamiłowania, a przy tym, jak każdy przeżywał trudności, pokusy i cierpienia. Był odważny i stanowczy. Odznaczał się niezłomną wolą w podejmowaniu decyzji, wytrwałością w dążeniu do celu, bystrością umysłu, zapałem do nauki, umiłowaniem Eucharystii, synowskim nabożeństwem do Matki Bożej i wielką dojrzałą wiarą. Imponowało mu życie szlachetne, czyste, wzniosłe, dlatego pragnął realizować swoje powołanie w zakonie jezuitów.

W jego młodym życiu bardzo wiele dokonał Jezus Chrystus. Dał mu udział w swojej świętości, a Stanisław zdecydowanie odpowiedział na wezwanie do doskonałości ewangelicznej. Jako student wiedeńskiego gimnazjum okazał się być niezłomnym w obliczu trudów, nie godząc się na bylejakość życia.

Św. Stanisław jest patronem młodzieży mającej wielkie ideały i pragnienia, nierzadko jednak łamiącej się przy pierwszych trudnościach czy pokusach. Patronuje naszym czasom, w których wiele spraw bywa rozmazywanych. Nie było mu łatwo pozostawić rodzinny dom i zamieszkać w Wiedniu u nietolerancyjnego luteranina. Nauka w obcym kraju nie szła mu z początku łatwo, bo nie miał dostatecznego przygotowania, ale pod koniec trzeciego roku studium należał do najlepszych uczniów. Zachowały się do naszych czasów - zapisane pięknym pismem - jego uczniowskie zeszyty, listy, notatki, świadczące o staranności i o wielkiej pracowitości. Posługiwał się biegle trzema językami, żarliwie się modlił, mimo że napotykał na duże trudności ze strony najbliższego otoczenia, wyśmiewającego jego pobożność. By móc zrealizować swoje powołanie, przeszedł pieszo przez Alpy i Apeniny do Rzymu. Uciekł od brata i od rodziny, która próbowała odwieść go od zamiaru wstąpienia do zakonu jezuitów. Chciano narzucić mu styl życia większości, czyli przeciętność. On jednak zachował swą inność i uparcie jej bronił, płacąc za nią wiele. Pisał do rozzłoszczonego ojca, by raczej dziękował Bogu za powołanie syna, niż by go odwodził od tej dojrzałej decyzji.

Ołtarz świętego Patrona młodzieży zawiera czytelne przesłanie dla wiernych, aby zawsze ze czcią zbliżali się do stołu Pana i mieli wielkie pragnienie ugoszczenia Go w swoim sercu. Eucharystia jest sercem Kościoła i ma być przyjmowana czystym, gorejącym sercem. Nie mogą jej przyjmować w niebie aniołowie, ale te niebieskie duchy zawsze towarzyszą nam w tym tajemniczym spotkaniu człowieka z Bogiem. Anioł jest obecny w Biblii i w życiu ludzi wiary zawsze tam, gdzie dzieją się wielkie rzeczy, wymagające zaufania i wiary oraz prostoty serca. Tak było kiedyś w biblijnej historii oraz w życiu świętych i tak jest i dzisiaj. Ołtarz św. Stanisława Kostki w swym artystycznym przesłaniu potwierdza tę prawdę.