Św. Ignacy doceniał wagę studiów teologicznych dla owocnego wypełniania głównej misji Kościoła, jaką jest głoszenie Ewangelii. Dlatego zalecał zgłębianie pism Ojców Kościoła, takich jak św. Hieronim, św. Augustyn czy św. Grzegorz. Właśnie oni przyczynili się do wyrażenia głębi tajemnicy Boga, ukazując przemieniające działanie Jego łaski w życiu chrześcijanina.

Także dzisiaj warto powrócić np. do lektury Wyznań św. Augustyna, by odkryć piękno Boga i przeżyć podobnie jak biskup z Hippony przygodę nawrócenia. Autor reguł o trzymaniu z Kościołem zalecał również odczytanie na nowo dzieł św. Tomasza z Akwinu i św. Bonawentury, którzy – jak napisał – objaśniali dla naszych czasów rzeczy konieczne do zbawienia wiecznego tudzież do lepszego zwalczania i wykrywania błędów i podstępów [herezji]. Ignacy Loyola cenił ich za to, że obok znajomości Pisma Świętego, czerpali oni z nauki soborów, kanonów i dekretów „świętej naszej Matki Kościoła” (por. Reguła 11, ĆD 363).

Także w naszych czasach wybitni teologowie, np. Henri de Lubac, Hans Urs von Balthasar czy Joseph Ratzinger (Benedykt XVI), dostrzegli potrzebę tworzenia teologii „na klęczkach”, zgłębiając moc słowa Bożego. Posiadali też umiejętność udzielania odpowiedzi tym, którzy pytają o powody naszej wiary. Według Benedykta XVI tylko teologia rozmodlona, a zarazem oparta na refleksji filozoficznej, zdolna jest dać wiarygodną odpowiedź wobec współczesnych wyzwań. O postulacie „wiary szukającej zrozumienia” pisał również Jan Paweł II w encyklice Fides et ratio.

W regule dwunastej św. Ignacy podaje: Powinniśmy wystrzegać się robienia porównań między nami, co jeszcze żyjemy, a błogosławionymi, którzy żyli w dawnych czasach... (ĆD 364). Reguła ta potwierdza, że autor znał miarę i proporcję w ocenianiu dokonań ludzi. Bardzo cenił postawę pokory, zwłaszcza w wypełnianiu ofiarnej służby w Kościele. Dla niego najważniejszą była postawa służby. W podobnym duchu przemawia obecnie do nas ojciec święty Franciszek.

Zaskakuje współczesnego Czytelnika reguła trzynasta: Ażeby we wszystkim utrafiać w sedno, trzeba być zawsze gotowym wierzyć, że to, co ja widzę jako białe, jest czarne, jeśli tak to określi Kościół Hierarchiczny. (...) Bo tenże sam Duch i Pan nasz, który dał dziesięcioro przykazań, ten sam kieruje i rządzi świętą Matką naszą Kościołem (ĆD 365). Choć mówi ona o „ślepym” posłuszeństwie, to przecież oddaje najgłębszą intuicję rozumienia tajemnicy Kościoła, którym kieruje i rządzi Duch Święty. Podobnie o Kościele, w którym działa Duch Chrystusowy, czytamy w konstytucjach dogmatycznych Dei Verbum i Lumen gentium. Poprawne odczytanie Pisma Świętego według Benedykta XVI jest możliwe jedynie we wspólnocie Kościoła katolickiego. Teologicznym zaś gwarantem takiej lektury jest Magisterium Kościoła pod przewodem papieża.

W regułach czternastej i piętnastej św. Ignacy nawiązał do dyskutowanego w XVI w. problemu predestynacji (przeznaczenia). Doktrynę tę rozwinął głównie Kalwin. Nie była ona zgodna z nauką katolicką i według hiszpańskiego świętego mogła prowadzić do utraty troski przez człowieka o własne zbawienie, które jest nade wszystko darem Boga. Jezuici bronili w tym czasie wolności człowieka zdolnego do tego, by wybierać Boga i żyć zgodnie z Jego wolą (por. ĆD 366). Św. Ignacy zachęcał, by nie mieć zwyczaju mówić dużo o predestynacji. Lecz jeśli w pewien sposób i niekiedy mówi się o tym, trzeba wtedy tak mówić, żeby ludzie prości nie popadali w błędy... (ĆD 367). W taki oto sposób św. Ignacy przejawiał niezwykłą troskę o wiarę ludzi prostych. Dzisiaj warto pamiętać także o tym, by mówić nie tylko o Bożym miłosierdziu, ale też o Bożej sprawiedliwości.

Z podobnych jak wyżej powodów św. Ignacy uważał – ujął to w regule szesnastej – żeby nie mówić dużo o wierze z wielkim naciskiem na nią, a bez żadnego rozróżnienia i wyjaśnienia, żeby i przez to nie dawać ludowi okazji do osłabnięcia na duchu i do lenistwa w dobrych uczynkach, czy to zanim się ma wiarę ożywioną miłością, czy to potem (por. ĆD 368). Podkreślał, że ważna jest nie tylko wiara (sola fide u protestantów), ale i uczynki, bez których jest ona martwa. Dlatego św. Ignacy tak wiele wymagał od jezuitów i tych wszystkich, którzy odprawiają Ćwiczenia duchowne, zachęcając ich, by pokonywali ducha lenistwa i wchodzili na drogę świętości. Hiszpański mistyk w sposób spontaniczny odkrywał także moralny wymiar słowa Bożego, które zawsze wzywa do nawrócenia. Choć dostrzegał działanie łaski Bożej, to jednak kładł również wielki nacisk na wolność człowieka i jego odpowiedzialność za swoje czyny; mówi o tym reguła siedemnasta (por. ĆD 369).

Ostatnia, reguła osiemnasta jest swoistym podsumowaniem powyższego komentarza: Chociaż ponad wszystko należy cenić usilną służbę Bogu, Panu naszemu, z czystej miłości, to jednak powinniśmy wielce pochwalać bojaźń jego Boskiego Majestatu; bo nie tylko bojaźń synowska jest rzeczą dobrą bardzo i świętą, ale nawet bojaźń służebna, jeśli człowiek nie zdobywa się na nic lepszego i pożyteczniejszego, wielce pomaga do wyrwania się z grzechu śmiertelnego; a gdy człowiek raz z niego się wyrwie, łatwo dochodzi do bojaźni synowskiej, która całkowicie jest Bogu, Panu naszemu, przyjemna i miła, bo jest nierozdzielna od miłości Bożej (ĆD 370). Św. Ignacy sam doświadczał, że bojaźń Boża jest początkiem mądrości. Kto odczuwa dobry lęk, dbając, by nie obrazić Boga przez grzech, ten jest na dobrej drodze wiodącej do zbawienia wiecznego.