W środkowej, małej apsydzie nawy południowej świątyni znajduje się ołtarz dedykowany patronowi Polski i patronowi młodzieży - św. Stanisławowi Kostce. Przyścienny ołtarz składa się z dwóch części: z mensy i nastawy. Nastawa ołtarza obejmuje ośmiofiguralną grupę aniołów, którzy otaczają Świętego. Ten jezuicki nowicjusz został ukazany z profilu, w postawie klęczącej w chwili, gdy anioł podaje mu Komunię świętą. Jego postać znajduje się w centrum kompozycji.

W małej apsydzie nawy południowej świątyni, w pobliżu transeptu, znajduje się ołtarz dedykowany św. Ignacemu z Loyoli (1491-1556), założycielowi zakonu jezuitów, romantycznemu i walecznemu baskijskiemu rycerzowi, pokutnikowi oraz autorowi cenionej ascetycznej książeczki pt. Ćwiczenia duchowne. On to swoim duchowym synom nakazał służyć jedynie dla Bożej chwały. Święty ten został beatyfikowany przez papieża Pawła V w 1609 r., kanonizował go papież Grzegorz XIV w 1622 r., zaś patronem rekolekcji ogłosił go papież Pius XI w 1922 roku.

Fryz mozaikowy Piotra Stachiewicza, znajdujący się w górnej części prezbiterium Bazyliki Najświętszego Serca Pana Jezusa w Krakowie, przedstawia Zbawiciela adorowanego przez polskich świętych i błogosławionych oraz przez poszczególne stany Narodu polskiego. W kwietniowym PSJ(4/2003) omówiliśmy prawą (patrząc od strony Jezusa stojącego w centrum) część tej kompozycji.

W małej apsydzie północnej nawy świątyni znajduje się ołtarz dedykowany św. Andrzejowi Boboli (1591-1657), niestrudzonemu jezuickiemu apostołowi Pińszczyzny, który swą pracą zyskał przydomek duszochwata i poniósł okrutną śmierć męczeńską z rąk Kozaków w Janowie Poleskim.

Mozaika - starożytna sztuka dekoracyjna - była stosowana już w katakumbach, mimo że nie sprzyjały temu warunki, jakie panowały w ciemnych kaplicach cmentarnych czy w podziemnych korytarzach. Po zaprzestaniu prześladowań Kościoła (w roku 313) architektura sakralna zaczęła się rozwijać i mozaikę zaczęto stosować do dekoracji wczesnochrześcijańskich bazylik.